Bioinformata sênior

-------------------------------------------------- QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS: -------------------------------------------------- FORMAÇÃO: Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana. EXPERIÊNCIA: Mínimo de 5 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica. Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.). Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica. HABILIDADE TÉCNICAS: Experiência prática com Nextflow e/ou WDL/Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC. Domínio de ferramentas essenciais: GATK, BWA, samtools/bcftools, Picard. Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos. Experiência com containers (Docker, Singularity/Apptainer). Vivência em QC e curadoria de dados genômicos. Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído). Sólida experiência em Linux e Shell Script. Experiência com Git, versionamento, CI/CD e boas práticas de engenharia de software. HABILIDADE INTERPESSOAIS: Comunicação clara, inclusive para traduzir conceitos complexos a equipes multidisciplinares. Capacidade de liderança técnica e mentoria de bioinformatas mais jovens. Abordagem analítica e orientada à solução de problemas. Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica. ----------------------------------------- DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS: ----------------------------------------- OUTRAS QUALIFICAÇÕES: Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets). Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP. Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM. Inglês intermediário, especialmente para reuniões e apresentações. DIFERENCIAIS: Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas. Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática. Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala. Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico. Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica. Desenho e implementação de pipelines de bioinformática: Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core). Definir painéis/métricas de QC: Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ/BAM/VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios. Automatização: Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade. Consolidar catálogos e metadados: Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH). Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs): Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos. Interface técnica: Atuar na articulação com equipes de centros de pesquisa, laboratórios de sequenciamento e projetos financiados pelo DECIT que geram dados genômicos. Reuniões e colaborações: Participar de reuniões técnicas nacionais e internacionais, produzindo apresentações, relatórios de progresso e materiais técnicos de comunicação. Documentação robusta: Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.