Bioinformata sênior

--------------------------------------------------QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:--------------------------------------------------FORMAÇÃO:Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.EXPERIÊNCIA:Mínimo de 5 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica.Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.).Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica.HABILIDADE TÉCNICAS:Experiência prática com Nextflow e/ou WDL/Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC.Domínio de ferramentas essenciais: GATK, BWA, samtools/bcftools, Picard.Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos.Experiência com containers (Docker, Singularity/Apptainer).Vivência em QC e curadoria de dados genômicos.Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído).Sólida experiência em Linux e Shell Script.Experiência com Git, versionamento, CI/CD e boas práticas de engenharia de software.HABILIDADE INTERPESSOAIS:Comunicação clara, inclusive para traduzir conceitos complexos a equipes multidisciplinares.Capacidade de liderança técnica e mentoria de bioinformatas mais jovens.Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.-----------------------------------------DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS: -----------------------------------------OUTRAS QUALIFICAÇÕES:Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.Inglês intermediário, especialmente para reuniões e apresentações.DIFERENCIAIS:Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas.Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala.Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico.Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica.Desenho e implementação de pipelines de bioinformática: Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core).Definir painéis/métricas de QC: Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ/BAM/VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios.Automatização: Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade.Consolidar catálogos e metadados: Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH).Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs): Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos.Interface técnica: Atuar na articulação com equipes de centros de pesquisa, laboratórios de sequenciamento e projetos financiados pelo DECIT que geram dados genômicos.Reuniões e colaborações: Participar de reuniões técnicas nacionais e internacionais, produzindo apresentações, relatórios de progresso e materiais técnicos de comunicação.Documentação robusta: Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.