Bioinformata Pleno

Job descriptionVocê é um(a)bioinformata com mais de 3 anos de experiência, alta autonomia, capacidade de liderar soluções complexas e maturidade técnica para tomar decisões informadas em ambientes computacionais de alto desempenho com responsabilidade?Consegue navegar entre desafios intrincados, propor caminhos e construir soluções robustas que serão utilizadas como referência em um projeto genômico de escala nacional?Esta posição pode ser para você.O Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a)Bioinformata Plenopara atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos doPrograma Genomas Brasil, projeto prioritário do Ministério da Saúde/DECIT.Você fará parte de uma equipe multidisciplinar responsável pela criação da base técnica, metodológica e arquitetural que dará origem ao repositório nacional que integrará dados genômicos, fenotípicos e clínicosde projetos financiados pelo DECIT.Sua atuação será estratégica: você definirá arquiteturas, implementará e validará pipelines modernos em HPC, estabelecerá padrões de qualidade para sequências e metadados, e liderará a publicação de catálogos, ontologias e schemas de versionamento e reprodutibilidade — seguindo padrões GA4GH e melhores práticas globais.A vaga é exclusivamente PRESENCIAL, na sede do CIDACS localizada no Parque Tecnológico da Bahia – Edifício Tecnocentro, Rua Mundo 121, Trobogy.Main responsibilitiesDesenho e implementação de pipelines de bioinformática: Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core).Definir painéis/métricas de QC: Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ/BAM/VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios.Automatização: Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade.Consolidar catálogos e metadados: Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH).Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs): Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos.Documentação robusta: Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.Requirements and skillsQUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:FORMAÇÃO:Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.EXPERIÊNCIA:Mínimo de 3 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica.Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.).Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica.HABILIDADE TÉCNICAS:Experiência prática com Nextflow e/ou WDL/Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC.Domínio de ferramentas essenciais: GATK, BWA, samtools/bcftools, Picard.Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos.Experiência com containers (Docker, Singularity/Apptainer).Vivência em QC e curadoria de dados genômicos.Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído).Sólida experiência em Linux e Shell Script.Experiência com Git, versionamento, CI/CD e boas práticas de engenharia de software.HABILIDADE INTERPESSOAIS:Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS:OUTRAS QUALIFICAÇÕES:Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.Inglês intermediárioDIFERENCIAIS:Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas.Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala.Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico.Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica.Additional informationSOBRE O PROJETO:Nos próximos 24 meses, vamos transformar milhares de sequências genômicas dispersas em um repositório nacional vivo, seguro e interoperável — com pipelines Nextflow/WDL executando em HPC, controle de qualidade rigoroso e metadados harmonizados.Estamos construindo o primeiro piloto do Repositório Nacional Genômico, integrando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS, criando a base para pesquisas em saúde pública, vigilância genômica e medicina de precisão.Buscamos pessoas inquietas, altamente técnicas e comprometidas com a ciência aberta e o uso ético de dados sensíveis que desejam contribuir para uma das iniciativas mais estratégicas do país em genômica humana.SOBRE O CIDACS:O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data.Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas.Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time.Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.Aqui você encontrará:Um ambiente acolhedor e colaborativo;Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse timeMais informações sobre o Cidacs, acesse: #J-*****-Ljbffr